Amano Yukiteru est un jeune garçon solitaire n'ayant aucun ami. Il pense qu'en observant le monde comme s'il n'en faisait pas partis, il ne pourra être "blessé", il écrit donc tout ce qui se passe autour de lui dans son portable. Un jour, son ami imaginaire, Deus Ex Machina, le dieu du temps et de l'espace lui propose de participer à un jeu et lui offre un pouvoir : le journal du futur (Mirai Nikki). Après cela, le portable de Yukiteru répertorie tout ce qu'il va se passer dans le futur, il utilise donc ce pouvoir à outrance jusqu'à ce que Gasai Yuno, une élève de sa classe lui révèle qu'elle aussi est une détentrice d'un journal du futur et qu'elle veut le sauver d'un tueur en série. Yukiteru apprend que Deus a sélectionné 12 personnes pour participer au Survival Game afin de désigné qui pourra lui succéder et donc, devenir un Dieu. Entrainé malgré lui dans le Survival Game, Yukiteru n'a d'autre choix que de se battre pour sa survie.